全轉錄組是指特定組織或細胞在特定狀態(tài)下轉錄出的所有轉錄本的總和，包括了mRNA和非編碼RNA，非編碼RNA包含lncRNA，miRNA，circRNA等。通過構建兩種文庫（small RNA文庫，去rRNA的鏈特異性文庫），或構建三種文庫（small RNA文庫，去rRNA的鏈特異性文庫，circRNA文庫），對四種RNA（miRNA，lncRNA，mRNA，circRNA）的表達及調(diào)控關系進行分析，全面構建精細的RNA調(diào)控網(wǎng)絡，
全轉錄組測序可實現(xiàn)編碼RNA和非編碼RNA的分析及聯(lián)合分析，從而快速全面準確地獲得與特定生物學過程（例如發(fā)育、疾病等）主要RNA數(shù)據(jù)信息，將調(diào)控機制研究從單一層面延伸到網(wǎng)絡立體模式，目標是了解不同類型轉錄產(chǎn)物之間的行為和機制，分析內(nèi)容更加全面，可靠性更高，可廣泛應用于免疫機制、疾病領域、發(fā)育進化研究、致病機理和藥物靶標等研究。
mRNA分析內(nèi)容
基本分析
高級分析
原始數(shù)據(jù)質(zhì)控及評估
SNP分析（需達到10G數(shù)據(jù)量）
比對到參考基因組及結果評估
新轉錄本預測（需達到10G數(shù)據(jù)量）
rRNA殘留分析
可變剪切分析（需達到10G數(shù)據(jù)量）
飽和度分析
融合基因分析（需達到10G數(shù)據(jù)量）
數(shù)據(jù)分布均一性分析
lncRNA分析（需達到10G數(shù)據(jù)量）
基因覆蓋統(tǒng)計分析
差異基因蛋白互作分析
基因表達定量分析
個性化分析
基因表達分布分析
基因表達差異分析
差異基因聚類分析
GO和KEGG富集分析
lncRNA分析內(nèi)容
基本分析
高級分析
原始數(shù)據(jù)質(zhì)控及評估
與mRNA關聯(lián)分析(需有mRNA數(shù)據(jù))
lcnRNA表達水平分析
lncRNA靶基因預測
lcnRNA差異表達分析
個性化分析
GO和KEGG富集分析
新lcnRNA預測
miRNA分析內(nèi)容
基本分析
高級分析
原始數(shù)據(jù)質(zhì)控及評估
與mRNA關聯(lián)分析(需有mRNA數(shù)據(jù))
與miRNA數(shù)據(jù)庫比對分析
與lncRNA關聯(lián)分析（需有l(wèi)ncRNA數(shù)據(jù)）
小RNA分類及注釋
miRNA靶基因預測
差異表達分析
個性化分析
GO和KEGG富集分析
circRNA分析內(nèi)容
基本分析
高級分析
原始數(shù)據(jù)質(zhì)控及評估
與miRNA關聯(lián)分析（需有miRNA數(shù)據(jù)）
與數(shù)據(jù)庫比對分析
個性化分析
circRNA鑒定與注釋
circRNA表達水平分析
鑒定新的circRNA
可變剪切事件識別
circRNA差異表達分析
GO和KEGG富集分析
全轉錄組分析內(nèi)容
其他分析
兩兩關聯(lián)分析，全關聯(lián)分析，個性化分析
Identification of Novel Long Non-coding and Circular RNAs in Human Papillomavirus-Mediated Cervical Cancer
鑒定宮頸癌lncRNA和環(huán)狀RNA等biomarker及ceRNA分析
研究人員選取3個病人（HPV16）的宮頸鱗癌組織和癌旁組織，采用兩種建庫方式，通過全轉錄組測序來研究宮頸癌lncRNA和環(huán)狀RNA致病分子調(diào)控機制。
全轉錄組測序結果經(jīng)過分析，共鑒定到差異表達的19個lncRNA，99個環(huán)狀RNA，304個mRNA。非編碼RNA中鑒定到3個新lncRNA和44個新環(huán)狀RNA，并對這些差異RNA進行功能富集分析。共表達分析和功能預測中，發(fā)現(xiàn)19個差異表達lncRNA在致癌和癌癥發(fā)展中具有重要作用；另外還研究了ceRNA網(wǎng)絡分析表達和非表達RNA的相互作用，及每一個miRNA靶向作用的lncRNA和Mrna競爭關系。研究結果表明，非編碼RNA將有可能作為宮頸鱗癌治療和診斷的biomarker。CeRNA網(wǎng)絡研究在未來宮頸鱗癌研究中將對編碼RNA和非編碼RNA的關系及重要作用研究的將是重要的分析工具。
Wang H, Zhao Y, Chen M and Cui J (2017) Identification of Novel Long Non-coding and Circular RNAs in Human Papillomavirus-Mediated Cervical Cancer.Front. Microbiol. 8:1720.
韋翰斯生物公眾號
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