環(huán)狀RNA（circular RNA，circRNA）是一類特殊的非編碼RNA分子，是在轉(zhuǎn)錄過程中,通過可變剪接形成的一類首尾相接的環(huán)狀RNA分子。circRNA主要來源于內(nèi)含子或外顯子，在mRNA前體分子可變剪接加工過程中通過反向拼接或套索內(nèi)含子的方式產(chǎn)生，具有進化上保守、結構穩(wěn)定以及組織表達特異性等特征。
研究發(fā)現(xiàn)circRNA可作為競爭性內(nèi)源RNA（competing endogenous RNA，ceRNA），結合胞內(nèi)miRNA，阻斷miRNA對其靶基因的抑制作用。circRNA也可與蛋白形成復合體調(diào)節(jié)下游的靶基因。另外，circRNA的表達呈現(xiàn)出很強的組織特異性，也暗示circRNA具有重要的生物學功能。
與線性RNA不同，circRNA分子呈封閉環(huán)狀結構，不受RNA外切酶影響，表達更穩(wěn)定，不易降解。因此可通過去除total RNA中的rRNA和線性RNA分子，特異地富集circRNA分子后進行測序，更有針對性地分析樣本中circRNA的種類并進行表達定量，結合生物信息學挖掘手段，研究circRNA的功能和調(diào)控機制。
基本分析
高級分析
原始數(shù)據(jù)質(zhì)控及評估
與miRNA關聯(lián)分析（需有miRNA數(shù)據(jù)）
與數(shù)據(jù)庫比對分析
個性化分析
circRNA鑒定與注釋
circRNA表達水平分析
鑒定新的circRNA
可變剪切事件識別
circRNA差異表達分析
GO和KEGG富集分析
Circular RNA circTRIM33-12 acts as the sponge of MicroRNA-191 to suppress hepatocellular carcinoma progression
環(huán)狀RNA circTRIM33-12作為MicroRNA-191的海綿抑制肝細胞癌進展
復旦大學生物醫(yī)學研究院的研究團隊通過研究發(fā)現(xiàn)，circTRIM33-12在HCC（肝細胞癌）組織和細胞系中下調(diào)。HCC中circTRIM33-12的下調(diào)與惡性特征顯著相關，并且可作為手術后HCC患者的總體存活（OS）和無復發(fā)存活（RFS）的獨立危險因素。CircTRIM33-12在HCC細胞中的表達降低增加腫瘤增殖，遷移，侵襲和免疫逃避。
研究表明circTRIM33-12通過海綿吸附miR-191上調(diào)TET1表達（DNA雙加氧酶，DNA去甲基化關鍵蛋白），導致HCC細胞中5-羥甲基胞嘧啶（5hmC）水平顯著降低。5hmC為DNA去甲基化調(diào)控過程中重要的DNA修飾，研究表明5hmC作為強組織特異性的表觀遺傳標志物，可能是用于腫瘤診斷的更敏感標志物。該研究發(fā)現(xiàn)circTRIM33-12調(diào)控5hmC降低，對circRNA參與DNA甲基化調(diào)控具有重要意義。
Zhang P F, Wei C Y, Huang X Y, et al. Circular RNA circTRIM33–12 acts as the sponge of MicroRNA-191 to suppress hepatocellular carcinoma progression[J]. Molecular cancer, 2019, 18(1): 105.
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